എം.മുകുന്ദന്റെ പ്രശസ്തമായ നോവലാണ്‌ 'ഹരിദ്വാരിൽ മണികൾ മുഴങ്ങുന്നു'.മയ്യഴിപ്പുഴയുടെ തീരങ്ങളിൽ,ദൈവത്തിന്റെ വികൃതികൾ,കേശവന്റെ വിലാപങ്ങൾ എന്നിവ മുകുന്ദന്റെ പ്രധാന കൃതികളിൽപ്പെടുന്നു.